一、樣品的運輸
樣品從采集結束至送達實驗室整個過程的運輸應保證樣品本身變化最小及其中的微生物數量變化至低，盡量維持樣品采樣時的各種最初外界條件(如儲存溫度、是否需要冷藏或冷凍、避光等)。樣品應避免破損或漏撒，產品標簽應注明是否需要冰箱保存，不需要冷藏或冷凍的樣品應放置于強度較高可以避免外界破壞的合適容器內。
需注意：若容器內需要加入冰袋來進行保溫時，冰袋絕不可以直接接觸樣品。
以下是各類樣品建議的運輸溫度：
(1)固體樣品：樣品周圍溫度應≤40℃。
(2)冷凍或深度冷凍樣品：樣品周圍溫度應低于-15℃，最好低于-18℃。
(3)其他非固體類樣品：樣品周圍溫度應在1℃~8℃。
(4)拭子取樣型樣品：參見ISO 18593《食品與動物飼料的微生物學 用接觸板和抹布對表面取樣的水平方法》和ISO 17604《食品與動物飼料的微生物學 微生物分析用胴體取樣》。樣品周圍溫度應在1℃~4℃，樣品運輸時間最好不要超過4h。
二、樣品接收
接收樣品時應仔細檢查樣品的狀態，如果樣品性狀異常或樣品數量不夠，實驗室應拒絕接受此樣品。在特殊情況下，和客戶進行溝通說明達成一致意見之后，實驗室才可以進行檢測。在這種情況下，實驗室出具的檢測報告應記錄樣品的情況。
實驗室接收的樣品應建立樣品檔案，對樣品檢測的整個過程都應有相應的原始記錄，樣品的編號必須能追溯至實驗室工作的每個環節。如果有需要的話，盛納樣品的容器的外表面應用適宜的消毒劑進行消毒，同時仔細檢查容器外表面是否有明顯的物理損傷。
樣品標簽記錄信息應包括以下內容：
(1)接收日期(如果需要更加準確，可以加上接收時間)。
(2)抽樣詳細信息(抽樣日期和時間，樣品狀態)。
(3)客戶姓名和地址。
如果是易腐爛樣品，樣品的標簽上還應注明運輸時的溫度和保鮮溫度。
接受完樣品后應立刻檢測樣品，最好不要超過24h。或者經過實驗室工作人員一起商議決定檢測時間。對于特別容易腐爛的樣品(如貝類)，抽樣后應在24h內進行檢測，其他易腐爛樣品(如魚肉、生牛奶)，檢測時間應在抽樣后36h內進行。
如果上述檢測時間時限因各種原因無法實現時，樣品應冷凍置于-15℃以下，最好-18℃以下保存，使樣品中所要檢測的目標微生物盡量不要受到損害，并將這種因檢測時限造成的影響降到至低。
三、樣品儲存
樣品儲存的外界條件應滿足使樣品內現有的微生物的數量和種類引起變化的可能性降至至低。
建議各類樣品的儲存溫度如下：
(1)固體樣品：樣品周圍溫度為18℃~27℃。
(2)冷凍或深度冷凍樣品：樣品周圍溫度為-15℃以下，最好是-18℃以下。冷凍食品應在45℃以下不超過15min，或2℃~5℃不超過18h解凍后進行檢測。
(3)其他非固態(包括易腐樣品)：樣品周圍溫度3℃±2℃。
(4)拭子取樣型樣品：參見ISO 18593《食品與動物飼料的微生物學 用接觸板和抹布對表面取樣的水平方法》和ISO 17604《食品與動物飼料的微生物學 微生物分析用胴體取樣》。樣品周圍溫度應在1℃~4℃。實驗室應盡快進行檢測，時間不要超過24h。
四、驗余樣品
驗余樣品要放置在樣品初始狀態的溫度下保存。檢驗結果報告后，被檢樣品才能處理。檢出致病菌的樣品必須要經過無害化處理。
檢驗結果報告后，剩余樣品或同批樣品不進行微生物項目的復檢。
